Hiện nay, hệ thống trưng bày của bảo tàng Bảo tàng gồm 2 phần:

• Phần 1: Lịch sử Việt Nam từ thời Tiền sử (cách nay khoảng 500.000 năm) cho đến hết thời nhà Nguyễn (1945):
  • Thời Tiền sử (cách nay khoảng 500.000 năm – 2879 Tr. CN)
  • Thời kim khí – Hùng Vương dựng nước (2879 Tr. CN – 179 Tr. CN)
  • Thời Bắc thuộc – Đấu tranh giành lại độc lập (179 TR. CN – 938)
  • Thời Ngô – Đinh – Tiền Lê – Lý (939 – 1225)
  • Thời Trần – Hồ (1266 – 1347)
  • Thời Lê sơ – Mạc – Lê -Trịnh và Chúa Nguyễn (1428 – 1788)
  • Thời Tây Sơn (1771 – 1802)
  • Thời Nguyễn (1802 – 1945)
• Phần 2: Chuyên đề về văn hóa phía Nam Việt Nam và một số nước châu Á:
  • Văn hóa Champa (thế kỷ 2 -17)
  • Văn hóa Óc Eo (thế kỷ 1 -7)
  • Điêu khắc Campuchia
  • Súng thần công và đại bác (thế kỷ 18 – thế kỷ 19)
  • Sưu tập Dương Hà
  • Gốm một số nước châu Á
  • Xác ướp Xóm Cải ở Sài Gòn vào thế kỷ 19.
  • Sưu tập Vương Hồng Sển
  • Văn hóa các dân tộc phía Nam Việt Nam [9].
  • Tượng Phật một số nước châu Á